Porvoon seurakuntayhtymän päätösvaltaa käyttää yhteinen kirkkovaltuusto, jonka jäsenet valitaan seurakuntavaaleilla neljän vuoden toimintakaudeksi. Yhteinen kirkkovaltuusto valitsee kahden vuoden välein yhteisen kirkkoneuvoston, joka toimii yhtymän toimeenpano- ja hallintoelimenä. Seurakuntien päätösvaltaa käyttävät niiden seurakuntaneuvostot.
Seurakuntayhtymässä on kolme kappaletta suoraan yhteisen kirkkoneuvoston alaisia johtokuntia, jotka valmistelevat asioita kirkkoneuvostolle ja joilla on päätösvaltaa niille suotujen valtuuksien mukaisesti.
Tietoa suomalaisen seurakunnan hallinnosta saat täältä ja vastaavasti tietoa tuomiokirkkoseurakunnan hallinnosta täältä (ruotsiksi).