Porvoon seurakuntayhtymän yhteisen kirkkoneuvoston alaisina toimii kolme johtokuntaa, jotka päättävät niille määrätyistä tietynlaatuisista asioista sekä valmistelevat asioita yhteiselle kirkkoneuvostolle.
Tietoa Porvoon suomalaisen seurakunnan seurakuntaneuvoston alaisista johtokunnista saat täältä. Borgå svenska domkyrkoförsamlingin vastaavan seurakuntaneuvoston (församlingsrådet) alaiset johtokunnat löytyvät täältä.
Sairaalasielunhoidon johtokunnan tehtävänä on vastata hengellisestä työstä sosiaali- ja terveydenhuollon laitoksissa sekä avoterveydenhuollon sielunhoidosta.
Sairaalansielunhoidon johtokunnan puheenjohtajana vuosina 2011-2014 toimii Doris Ignatiew. Jan Andersson on johtokunnan varapuheenjohtaja.
Perheasiain neuvottelukeskuksen tehtävänä on kristillisen uskon pohjalta yksilö-, pari- ja perheterapian menetelmiä apuna käyttäen auttaa ja tukea ihmisiä heidän kriiseissään, erityisesti avioliitto- ja perheasioissa, suorittaa perhekasvatustyötä sekä antaa työnohjausta ja kouluttaa seurakuntien muita työntekijöitä avioliitto- ja perhekysymyksissä.
Rolf Steffansson on Perheasiain neuvottelukeskuksen johtokunnan puheenjohtaja vuosina 2011-2014, Kirsi Nurme varapuheenjohtaja.
Kiinteistö- ja hautausmaajohtokunnan tehtävänä on vastata seurakuntayhtymän kiinteistöjen, metsien ja muiden maa-alueiden, hautausmaan ja rakennusten sekä niihin kuuluvan irtaimiston hoidosta ja kunnossapidosta.
Risto Luosma toimii Kiinteistö- ja hautausmaajohtokunnan puheenjohtajana vuosina 2011-2014. Marcus Henricson tomii varapuheenjohtajana.